Kondisi kualitas pelayanan Pelabuhan Jayapura di Kota Jayapura saat ini terindikasi sudah menunjukkan penurunan. Kapal-kapal harus menunggu lama sebelum bersandar dan melakukan kegiatan bongkar muat barang.

Demikian pula kondisi akses di luar pelabuhan yang sering mengalami kemacetan bila ada kunjungan kapal, hal ini menyebabkan alih moda transportasi dari laut ke darat menjadi terganggu. Selama ini lalu lintas barang dengan kapal laut dari dan ke Kabupaten Jayapura diangkut melalui Pelabuhan Jayapura. Sayangnya Pelabuhan Jayapura yang ada sekarang ini sudah tidak memadai lagi untuk dikembangkan fasilitasnya karena keterbatasan back-up area dan akses ke pemilik barang. Pelabuhan Jayapura terletak di jantung kota Jayapura yang padat. Jalan-jalan di Jayapura yang sempit dengan kemiringan yang tajam menjadi kendala bagi transportasi barang terlebih lagi peti kemas. Oleh karena itu, sebagai suatu alternatif pengembangan dari Pelabuhan Jayapura sekaligus untuk membuka peluang bagi terbangunnya suatu kawasan pelabuhan yang modern di masa datang, Pemerintah Kabupaten Jayapura berencana membangun Kawasan Pelabuhan baru di Depapre. Pembangunan ini dimaksudkan juga untuk mengantisipasi pertumbuhan kargo melalui angkutan laut, terutama untuk peti kemas yang akhir-akhir ini menunjukkan perkembangan yang pesat di banyak pelabuhan di Indonesia. Ruang Lingkup Pekerjaan Ruang lingkup pekerjaan Desain Rinci Pelabuhan Peti Kemas Depapre Kabupaten Jayapura. adalah : Tinjau Ulang Studi Rencana Induk Pelabuhan Depapre Survey dan Penyelidikan Tanah Desain Rinci Fasilitas Pelabuhan Penyiapan Dokumen Lelang dan Rencana Anggaran Biaya Pelaporan  Pembuatan Maket / Miniatur Pelabuhan Lokasi Pekerjaan Lokasi rencana Pelabuhan Depapre berada di perairan Teluk Tanah Merah, di Desa Waiya, Distrik Depapre, Kabupaten Jayapura