Dalam pelaksanaan pekerjaan pembangunan Proyek yang terdiri atas 6 (enam) Paket Kegiatan , dengan 3 (tiga) Pemilik Pekerjaan/Pemberi Tugas. Beberapa paket diantaranya; Paket A, Paket C dan Paket A/C Lanjutan, dilaksanakan dalam beberapa tahapan pembangunan, yang tidak serempak dikarenakan ketersediaan waktu dan kecukupan besar jumlah alokasi anggaran masing-masing Pemilik Pekerjaan/Pemberi Tugas. Keseluruhan pelaksanaan Proyek Pembangunan Terminal Petikemas Kariangau, Pelabuhan Balikpapan tersebut memakan waktu lebih kurang 3,5 (tiga setengah) tahun, yang dimulai pada pertengahan tahun 2009 dan selesai pada pada akhir tahun 2012.
Secara garis besar lingkup pelaksanaan pekerjaan Proyek pembangunan Terminal Petikemas Kariangau, Pelabuhan Balikpapan yang terbagi dalam 6 (enam) Paket Proyek tersebut adalah :

• Penyiapan lahan Area Penumpukan (Paket A)
• Pembangunan Trestle dan Dermaga (Paket B)
• Penyiapan Lahan dan pembangunan Fasilitas Sisi Darat (Paket C)
• Pengadaan jasa Konsultan Supervisi
• Pembangunan Area Penumpukan (Paket A/C-Lanjutan)
• Pembangunan Fasilitas Mekanikal Elektrikal (Paket ME)

Adapun keempat paket teratas pada daftar tersebut (Paket A, Paket B, Paket C dan Pengadaan Konsultan Supervisi) adalah merupakan paket utama, sedangkan kedua paket terbawah (Paket A/C-Lanjutan dan Paket ME) merupakan paket tambahan. Paket tambahan ini dimaksudkan untuk menampung pekerjaan-pekerjaan yang seharusnya termasuk dalam lingkup pelaksanaan pekerjaan dalam paket lain, akan tetapi karena keterbatasan ketersediaan waktu dan anggaran maka pelaksanaan pekerjaan-pekerjaan berikut pembiayaan pelaksanaan pekerjaannya diambil alih oleh PT. Pelabuhan Indonesia IV (Persero)